Hacienda puede revisar el IVA de los autónomos hasta diez años atrás si queda un saldo pendiente de compensar, según el Supremo.
La sentencia 988/2026, de 23 de julio, zanja una duda que llevaba años sobre la mesa: si un trimestre de IVA prescribe, ¿desaparece también el rastro de las facturas que lo originaron? El Supremo responde que no mientras ese saldo siga en uso en una declaración que aún se puede comprobar.
Qué permite Hacienda con un saldo de IVA antiguo
El caso llegó al Supremo de la mano de Anuda Gestión, con liquidaciones de los ejercicios 2015, 2016, 2017 y 2018. Durante la inspección, Hacienda reconoció que varios períodos de 2015 ya habían prescrito y renunció a reliquidarlos. Pero parte del saldo nacido en esos trimestres se había trasladado a ejercicios posteriores.
Ahí está la clave. Una cosa es liquidar otra vez un período ya prescrito y otra muy distinta comprobar un crédito fiscal que continúa utilizándose. El Supremo separa las dos cosas y avala que la Agencia Tributaria verifique tanto el origen como el importe de ese saldo.
El plazo general para determinar una deuda tributaria son cuatro años. Transcurridos, y salvo que se haya interrumpido la prescripción, Hacienda pierde el derecho a exigir nada de ese ejercicio. Hasta aquí, lo de siempre.
Prescribe el trimestre, pero no siempre el derecho de Hacienda a preguntar de dónde salió ese saldo que sigues compensando.
Lo que añade esta sentencia es el matiz del artículo 66 bis de la Ley General Tributaria. Ese precepto fija en diez años el plazo para comprobar determinados créditos fiscales pendientes de compensación, muy por encima de los cuatro años habituales. El cómputo arranca al día siguiente de terminar el plazo para presentar la declaración en la que nació ese derecho.
Conviene no llevarse a engaño: esto no significa que Hacienda tenga barra libre para revisar cualquier declaración de IVA de los últimos diez años. Lo que permite la norma es comprobar un saldo antiguo cuando sigue proyectando efectos fiscales sobre ejercicios posteriores. Ni más, ni menos.
Qué facturas y papeles debes conservar, y hasta cuándo
La consecuencia es de andar por casa: conserva las facturas mientras siga vivo el saldo a compensar. Si ese crédito sigue activo, Hacienda puede pedirte años después que demuestres cómo se generó, qué operaciones lo justifican y si el importe cuadra.
¿Qué entra en esa carpeta? Las facturas del IVA soportado, los libros registro, las autoliquidaciones —los modelos 303 y el resumen anual 390— y cualquier justificante ligado a esas operaciones. Son las piezas que acreditan que el saldo existía de verdad.
Los libros registro merecen una mención aparte: son el hilo que une cada factura con el saldo declarado. Si están al día, la comprobación se resuelve con una revisión rápida; si están incompletos, cualquier saldo antiguo se convierte en una discusión larga con la AEAT.
Pongamos números. Un autónomo cierra un trimestre con 20.000 euros de IVA pendiente de compensar porque sus cuotas soportadas superan lo repercutido. Los años siguientes va consumiendo ese saldo y, al cabo de cuatro, aún le quedan 8.000 euros. Cuando los aplica, Hacienda no puede reliquidar el trimestre original, pero sí comprobar que esos 8.000 euros proceden de cuotas deducibles.
Con las facturas a mano, todo se resuelve con una explicación. Sin ellas, toca demostrar por otros medios algo que ocurrió hace casi una década. El despiste clásico es vaciar el archivo al cumplir los cuatro años.
Por qué esta sentencia cambia la gestión del IVA pendiente
Para la mayoría de los autónomos que acumula IVA a compensar, la sentencia mueve la lógica del archivo. La regla de los cuatro años sigue en pie para liquidar, pero deja de ser la única referencia. Si hay un crédito vivo, el reloj que importa puede estirarse hasta los diez años del artículo 66 bis de la LGT.
La medida tiene una cara razonable: el saldo que te descuentas este trimestre tiene que existir. Y otra incómoda: obliga a guardar papel durante más tiempo del que parece. Un cambio de gestoría, una mudanza de oficina o un salto de programa de facturación son el momento perfecto para perderle la pista a un saldo antiguo.
A efectos prácticos, la recomendación es sencilla. Mientras un saldo a compensar siga vivo, no cierres el archivo. Solo cuando se agota del todo, y han corrido los plazos, tiene sentido plantearse deshacerse de las facturas. La próxima vez que revises tus libros, mira cuánto IVA llevas pendiente: ahí está la respuesta de lo que debes conservar.
Guía rápida del trámite
- 📅 Plazos: cuatro años para liquidar una deuda tributaria; hasta diez años para comprobar créditos pendientes de compensación (artículo 66 bis de la LGT).
- ✅ Requisitos clave: ser autónomo o empresa con un saldo de IVA pendiente de compensar que siga aplicándose en declaraciones posteriores.
- 🌐 Dónde solicitarlo: la comprobación la abre la AEAT y la documentación se presenta en la sede electrónica de la Agencia Tributaria con certificado digital o Cl@ve.
- 💰 Importe o coste: sin coste directo; el riesgo es no poder acreditar el saldo y perder la deducción ya aplicada.
- ⚠️ Error a evitar: destruir facturas, libros registro o autoliquidaciones a los cuatro años teniendo un saldo todavía pendiente.
